Chưa có tài liệu lịch sử ghi rõ việc hình thành của bến Ninh Kiều, nhưng theo một số nhà nghiên cứu thì đã có giai thoại hình thành địa danh này từ thời Gia Long của nhà Nguyễn và Bến Ninh Kiều xưa vốn là một bến sông ở đầu chợ Cần Thơ.[1]

Theo đó từ khi chưa lên ngôi vua, Nguyễn Ánh vào miền Nam. Một hôm, đoàn thuyền của ông đi theo sông Hậu vào địa phận thủ phủ Trấn Giang (tức Cần Thơ xưa). Lúc đêm vừa xuống thì đoàn thuyền cũng vừa đến vàm sông tức Bến ninh kiều ngày nay. Giữa đêm có vọng lại nhiều câu ngâm thơ, hò hát, tiếng đàn, tiếng sáo. Ông này khen vì một cảnh quan sông nước hữu tình và đặt tên cho con sông là Cầm Thi giang.[4]

Từ năm 1876, quân đội Pháp đến chiếm Trấn Giang của triều Nguyễn và thành lập Tòa Bố chính tại Cần Thơ do đại úy Nicolai làm Chính tham biện. Bến Cần Thơ được chỉnh trang đá xây gạch để ngăn sóng dọc theo bờ sông. Lúc này nó chỉ là bến ghe, bến tàu của xứ lục tỉnh do các tàu bè chạy khắp miền Hậu Giang đều ghé bến ở đây mà vận chuyển hàng hóa, đưa rước khách. Lúc này Ninh Kiều tấp nập thuyền bè qua lại giao thương, hàng cây dương chắn gió ven bờ đã trở thành tên gọi của bến sông. Việc giao thương mỗi ngày thêm phồn thịnh, bến Hàng Dương do đó cũng được mở rộng và sửa sang, rồi dần dần trở thành thắng cảnh du lịch của đất Tây Đô.

Bến nước này được người Pháp đặt tên là Quai de Commerce (tiếng Việt là: bến thương mại). Người dân ở bến thường gọi bằng cái tên dân dã là bến Hàng Dương vì dọc bờ sông có hàng cây dương [4] hay nhân dân còn gọi tên khác là bến Lê Lợi vì con đường dọc theo mé sông trước đây có tên là đường Lê Lợi.[1][5]

Vào khoảng năm 1957 dưới thời Việt Nam Cộng Hòa (thời Đệ Nhất Cộng hòa), bến hàng dương đã đổi thành bến Ninh Kiều gắn với việc ông Đỗ Văn Chước - Tỉnh trưởng Phong Dinh (tên gọi khác của Cần Thơ). Ông ta cho lập nơi bến sông này một công viên cây kiểng và bến dạo mát theo đề xuất của ông Ngô Văn Tâm, Trưởng ty Nông nghiệp, đồng thời phụ trách đoàn Thanh Niên 4T (Khuyến Nông).[4]

Sau đó Đỗ Văn Chước trình lên Ngô Đình Diệm đặt tên công viên và bến là Ninh Kiều dựa vào một sự kiện trong lịch sử Việt Nam và lấy tên một địa danh lịch sử chiến thắng quân Minh của nghĩa quân Lam Sơn do Lê Lợi chỉ huy.[4] Ngày 4 tháng 8 năm 1958, Bộ trưởng Nội vụ thời Đệ Nhất Cộng Hoà là ông Lâm Lễ Trinh từ Sài Gòn xuống Cần Thơ dự lễ cắt băng khánh thành, đọc Nghị định đặt tên công viên và bến Ninh Kiều.[4]

Ngày nay, quanh khu vực bến được đổi tên thành quận Ninh Kiều thuộc Thành phố Cần Thơ. Đường Lê Lợi dọc mé sông nay là đường Hai Bà Trưng, đường này đã được quy hoạch trở thành phố đi bộ và chợ đêm đầu tiên của Thành phố Cần Thơ.[5]